2011年4月1日の学園支線開業に伴い供用開始された学園支線の駅。下り方に引上線を設けており、当駅を発着とする列車が設定されている。
早い段階でフルスクリーン式のホームドアが設置された。
学園都市第二駅は学園都市第一駅と同様、駅周辺は各種学校施設が設置されている。学園都市第二駅は高等学校、大学校が多め。朝は混雑を極める。
学園都市にある駅であることから学園都市第二と命名。第二とついているのは学園都市第一駅と区別するためである。
元ネタは、神奈川県横浜市瀬谷区にある細谷戸第一~細谷戸第五停留所より。